õA török hódoltság után (1543-1686) Pécs újra a régió katolikus központja lett. A mindenkori püspök 1780-ig a város birtokosa is volt, a római katolikus vallás a polgári jogok elnyerésének feltétele volt. Magyarországon csak 1840, a zsidók szabad letelepedésének engedélyezése után költöztek a nemesi birtokokról izraelita családok a városokba. 1840-ben 72 tagja volt a hivatalosan csak 1841-ben alapított hitközségnek. A tagok száma 1869-re már elérte a 1.623-at.

A gyorsan növekvő pécsi zsidó közösség romantikus stílusban építtette fel - már második - imaházát. Az építészek Kauser Lipót és Feszl Frigyes voltak, a zsinagóga felszentelésére 1869 júliusában került sor. A földszinten a férfiak számára 400, a kétszintes karzaton a nők számára szintén 400 ülőhely készült. A belső kialakítás eltér az ortodox előírásoktól; a szentélyben a kórus számára egy emelvény lett elhelyezve, a Bima (a Tora olvasásánál használt empóre) a Tóra láda előtt áll. Az ortodox szokásoknak ellentmondott a neológ hitközség által felállíttatott orgona is. A hangszer Angster József hazai orgonaépítő mester első műve volt. Az 1869-ben elkészült orgona kitűnő minősége az Angster cég jó hírnevét növelte, ami a vállalkozás gyors fellendülését eredményezte. A zsinagóga a hitközség használatában áll.