Nakon osmanlijske vladavine (1543-1686) Pečuj ponovo postaje katolički centar. Do 1780. godine su biskupi uvek bili i posednici grada. U tim vremenima se ljudi druge vere ovde nisu smeli naseljavati. 1840. g. je Židovima dozvoljeno da se slobodno naseljavaju širom Mađarske. Tako su se izraelitske porodice stale sa plemićkih poseda doseljavati u gradove. Njihova prva kulturna zajednica biva oficijelno osnovana 1841. godine. 1840. g. tamo živi 72 Židova; 1869. g. se njihova brojka povećala na 1.623.

Ova brzo rastuća židovska zajednica iz Pečuja je svoju sadašnju, a inače već drugu sinagogu izgradila između 1865. i 1868. godine u takozvanom „romantičnom stilu“. Njeno svečano otvaranje je održano u julu 1869. godine. Arhitekti su bili Leopold Kauser, Fridrih Fesl (Friedrich Feszl) i Karl Ferster. U sinagogi se u prizemlju nalazi oko 400 sedišta za muškarce, a na dvospratnim tribinama (emporama) isto toliko sedišta za žene. Unutrašnje uobličavanje odstupa od ortodoksnih propisa: U svetinji postoji jedna horska tribina. Bima (tribina za čitanje Tore) stoji ispred svetog Tora-kovčega (kovčega sa svetim rolnama Tore), a tu se nalaze i jedne orgulje. Te orgulje su bile prvo delo domaćeg graditelja orgulji Jožefa Angstera (József Angster). Taj, 1869. godine izgrađeni instrument, mu je stvorio tako dobro ime, da je njegova fabrika doživela munjeviti uspon. Sinagoga se još i danas koristi kao kulturna zgrada.