A 13 sz. elején a templomot a völgybe vezető rétre építették (Templom a réten). Háborúk kényszerítették a közösséget, hogy a templomot a város falai közé telepítsék. Kevéssel később 1399.-bena szent Michael templomot a mai helyén újra megalapították és felépítették.

Miután a reformáció alatt a legtöbb városlakó a protestáns vallást vette fel, a Wengentemplom augustínusait azzal bízták meg, hogy a város kevés megmaradt katolikusát gondozza. Wengentemplom a város egyetlen katolikus temploma maradt egy enklávévá vált Ulm megmaradt katolikusai számára. A megtűrt idegen testnek különleges szerepe volt a kivándorlók számára, akik többnyire katolikus területekről jöttek.

A 18. Sz.-ban mindig több és több telepes érkezett a városba német területekről. Sokuk Ulmban házasodtak meg. Ennek különböző okai voltak. Vagy az útra kelés előtt a párnak nem volt elég ideje házasodni, vagy az elöljárósági engedélyt nem kapták meg. Sokan egyáltalán az úton ismerkedtek meg. A letelepedésnél a házaspárokat előnyben részesítették, mert a Habsburgoknak fontos volt, hogy intakt és funkcióképes családokat tudjanak a Duna környékére betelepíteni, akik hasznot hozóan tudtak dolgozni. Csak feltételezni lehet, hogy ezért sok érdekházasságot is kötöttek. A Wengenkolostor megkapta a jogot, a kivándorlókat összeesketni, hogy a protestáns városvezetésnél nehogy felfigyeljenek rá.

A második Világháborúban Ulmot sokszor megsemmisítően bombázták a szövetséges hatalmak. A városképet ezzel teljesen szétrombolták. A Wengentemplomot sem kímélték. Igy 1944 decemberében egy bombatámadásnak esett áldozatul. A háború utáni időben a templomot újra felépítették és kibővítették. Csak a gótikus nyugati orom maradt meg az alapkő letételi domborművel. 1997-ben a csupasz belső teret egy fényben úszó templomtérré változtatták.

A Wengentemplom ma az Ulmi katolikus közösség egyetlen belvárosi temploma és ezzel együtt az egyetlen római katolikus plébániatemplom az óvárosban a reformáció óta.